omicron

Стоило мне написать, что дальнейшее увеличение эффективности распространения вируса маловероятно, как природа тут же показала мне кукиш, да еще какой. Однако и маловероятные явления случаются, а что омикрон из всех вариантов появлявшихся до сих пор - уникален, видно из вот этой картинки из этой статьи:

По вертикали - количество мутаций в белке S1 по сравнению с исходным вирусом. Каждая точка - один отсеквинированный вирус.Омикрон обогнал по мутациям (в этом белке) основную толпу в два с половиной раза, но удивительно не только это, а также то, что мы не видим промежуточных вариантов. Его ближайший родственник - давно уже вытесненная альфа. В статье из которой взята картинка обсуждают три теории для объяснения этих фактов: 1) Длительная репликация в одном человеке с нарушенной иммунной системой; 2) Репликация в каком-нибудь животном (мышах) и потом возврат обратно к человеку; и 3) Репликация в какой-то изолированной популяции людей. Все три теории возможны, но у каждой есть свои проблемы. Скорее всего мы так никогда и не узнаем откуда он взялся.

Так или иначе, если с другими вариантами было не очень очевидно что у них увеличилась заразность, с омикроном отрицать это невозможно. Везде, куда он приходит, кривые количества новых инфекций взлетают вверх почти вертикально, такого с другими вариантами не было. Объясняют это тем, что вирус намного лучше приспособился размножаться в носу, что дескать ведет к большему количеству вируса в выдыхаемых аэрозолях. Хорошее объяснение, но не до конца меня удовлетворяющее, мне кажется должно быть что-то еще.

Приспособившись к носу, вирус вроде бы одновременно ухудшил свою способность реплицироваться в легких, с чем связывают меньшую патогенность. Опять же - не совсем удовлетворительное объяснение. И я вообще не уверен, что он действительно так уж сильно отличается по патогенности. Очень важно правильно сравнивать цифры делая поправки на целый ряд факторов, а также разбивая исходы по категориям вакцинации, предыдущих инфекций и факторов риска и я пока таких работ не видел. Если знаете - кидайте в комментарии. Просто как пример возможен такой вариант: дельта плохо заражала вакцинированных и переболевших и поэтому недавние оценки ее патогенности определялись в основном наивной или недо-иммунной популяцией, а омикрон заражает всех подряд, в том числи и людей с иммунитетом, защищающим их от болезни. Тогда наблюдаемое снижение патогенности это не внутреннее свойство вируса, а свойство заражаемой популяции.

Впрочем, даже если принять что вирус в 2-5 раз менее патогенен, чем дельта (я видел именно такие оценки), все равно с его массовым распространением, мы имеем взлет госпитализаций во многих штатах. Сейчас по стране в целом - почти как на пике прошлой зимы, а некоторые штаты уже существенно превзошли предыдущие рекорды (Мэриленд - почти в два раза). В общем, оптимистичные прогнозы о том, что все по-легкому переболеют и наступит стадный иммунитет - не оправдались.

Вакцины, однако, похоже что пока вполне работают даже с омикроном. Вот, например, данные из Вирджинии по госпитализациям (есть сходные и по другим штатам):


Госпитализации на 100 тысяч населения. Темно-синий - полностью вакцинированные, голубой - частично вакцинированные, желтый - невакцинированный.Смерти от ковида, кстати, в Вирджинии декабре-январе пошли на спад, даже несмотря на такой скачек госпитализаций, что намекает на то, что вирус возможно действительно менее летален.
В общем, я как всегда призываю соблюдать спокойствие, если вы вакцинированы, то никаких особых поводов ни для радости, ни для паники пока нет.